Em ambas as vertentes FIS CRÉDITO e FIS CAPITAL, as propostas de financiamento ou de investimento só serão elegíveis se os projetos que as organizações ou empresas pretendem desenvolver forem reconhecidos como Iniciativas de Inovação e Empreendedorismo Social (IIES).

Esse reconhecimento é efetuado pela Estrutura de Missão Portugal Inovação Social, através da emissão de um parecer favorável que deve constar nos processos de candidatura ao FIS.